El análisis de ADN de caballos antiguos durante los últimos milenios ha demostrado que los primeros esfuerzos de cría se centraron en corregir el temperamento y, posteriormente, en mejorar las cualidades físicas: velocidad, resistencia y capacidad para soportar carga.
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El elemento clave fue una región del genoma GSDMC asociada con la forma del esqueleto y la anatomía funcional de la columna vertebral. Este gen comenzó a seleccionarse activamente hace unos 4750 años, lo que aumentó las posibilidades de desarrollar animales fuertes y coordinados, capaces de transportar a una persona a largas distancias. Otro gen, el ZFPM1, que afecta al comportamiento, adquirió importancia hace unos 5000 años, confirmando la prioridad de una disposición tranquila sobre los cambios físicos.